Lee Morgan commence sa carrière dans l'orchestre de Dizzy Gillespie à l'âge de 18 ans. Il y reste durant deux ans. En 1956 il commence à enregistrer en tant que leader, principalement pour le label Blue Note. Il enregistre près de 25 albums pour ce label. Ses influences principales sont Clifford Brown et Dizzy Gillespie.

Il apparaît également dans divers album de Hank Mobley, John Coltrane (Blue Train), les Jazz Messengers d'Art Blakey, Jimmy Smith, Wayne Shorter et Andrew Hill. Il est devenu célèbre grâce à son album The Sidewinder en 1963. Dans ses albums en tant que leader, il a joué avec les plus grands musiciens de hard bop : Wayne Shorter, Joe Henderson ou Jackie MacLean au saxophone ; Bobby Timmons ou McCoy Tyner au piano ; Art Blakey et Billy Higgins à la batterie…

Son style est très caractéristique du son Blue Note des années 1960 : un quintet composé en général d'une trompette, d'un saxophone ténor (plus rarement alto ou baryton), d'un piano, d'une contrebasse et d'une batterie ; un son funky, un style soul jazz. Sous bien des aspects, Lee Morgan représente le type même du musicien hard bop des années 1960.

Lee Morgan a été tué par sa femme. Un soir de concert, elle le trouva en compagnie d'une autre femme. Une dispute s'ensuivit, et elle le tua. En 2016, Kasper Collin a produit un documentaire, I Called Him Morgan[1], où Helen Morgan évoque ces événements ainsi que sa vie auprès de Lee Morgan.