À la mort de son père, professeur au Muséum d’histoire naturelle de Paris et soit disant biographe du capitaine Nemo, Louis Aronnax fait un précieux héritage. Il se voit remettre le manuscrit original de la célèbre relation de voyage « Vingt mille lieues sous les mers », annoté et raturé.

Grand sceptique de l’histoire racontée par son père, il découvre néanmoins par hasard, dissimulé à l’intérieur, un plan du Nautilus : le légendaire submersible. Au dos, de mystérieuses coordonnées semblent conduire vers une île n’étant répertoriée sur aucune carte et perdue au beau milieu de l’Atlantique sud.

Persuadé de pouvoir retrouver ainsi le Nautilus et bien décidé à confronter le mythe à la réalité, il s’empresse de monter une expédition. Un armateur répond à son annonce en lui proposant navire et équipage. Son étonnante connaissance des fonds marins finit de convaincre Louis, qui accepte, puis complète l’expédition avec une équipe d’explorateurs aguerris, la vôtre.

Après d’interminables journées en mer une île mystérieuse apparait à l’horizon...