Construite sur l'emplacement du bazar de la Charité, cette chapelle expiatoire est dédiée aux plus de cent vingt victimes de l'incendie du hangar en bois qui abritait cette vente de bienfaisance, le . La première pierre de l'édifice religieux est posée le , un an jour pour jour après la tragédie ; il est inauguré le 4. Son architecte, Albert Guilbert, obtint une des médailles d'or de l'exposition universelle de 1900 pour son édification.
Au cours du xxe siècle, deux congrégations se sont succédé afin que soit perpétué le culte : les sœurs auxiliatrices du Purgatoire (de 1900 à 1953) et la Mission catholique italienne de Paris5 (de 1953 à 2012) dont les pères scalabriniens ; les fidèles se sont relocalisés à l'église Saint-Pierre-de-Chaillot en . En , la chapelle est dévolue à la Fraternité sacerdotale Saint-Pie-X6.